完善法人治理结构。一是要规范管理组织，强化各自职能的正确发挥，真正形成股东代表大会、董事会、监事会和行长之间权责分明、相互制衡、相互协调的法人治理结构。二是健全议事规则和决策程序，防止权力的滥用和决策失误。三是充分发挥监事会职能，建立常规审计、专项审计和离任审计制度，建立信息披露制度、经营管理层建立经营情况报告制度和董事会、监事会、股东代表大会相互制约监督办法。
加强内部控制建设。一是健全组织机构,分清管理权责,为设计、执行、控制和监督活动提供基本的框架,使各机构、各职位做到有效的配合和整合,使组织体系在相互制衡的前提下协调高效的运行。二是要加强经营管理者的内部控制意识。商业银行内部控制的成败取决于全体干部员工的控制意识和行为,而商业银行管理者内部控制的自觉意识和行为又是问题的关键。三是将内部岗位进行职责细分，不同岗位职责分配要合理、科学，体现相互制约的目标，要明确每个员工的岗位责任，使每个员工在其岗、明其责，这样每一岗位必须对内控措施的落实承担责任，重点是会计、信贷控制体系的完善和严密，进而建立全面的岗位责任体系。
制定内部控制标准。为改善内部控制普遍薄弱的难题,农村商业银行应该在治理结构的同时并规范公司的内部控制,明确管理者对内部控制应承担的责任,使其真正意识到内部控制的重要性,才能以相应的规范为依据来判断银行信息的公允性、真实性。
构建内部控制体系。一是要对所有的内控制度进行清理、废止、完善、补充。二是所有内控制度的制订都必须在法律法规、部门规章的框架内进行,需要通过一定的程序才能生效的制度,必须履行必要的法定程序。三是内控制度要涵盖所有的经营管理和业务领域,不能留有盲处或空白地带。四是制订内控制度要有一定的前瞻性和超前意识,真正符合农村商业银行的实际发展需要。
强化内部控制检查。农村商业银行要按照内部控制的要求及规定认真排查各类案件风险点，及时堵塞制度和管理漏洞，并对操作层、管理层和领导层分别提出要求，各施其责，严防操作风险、经营风险及道德风险，力求建立案件防范长效机制。
建立内部控制队伍。一是要提高内部控制人员的职业道德和政策水平,牢固掌握国家法律法规和商业银行的规章制度,确保对农村商业银行经营管理活动进行有效控制和客观、公正的评价,为农村商业银行加强内部控制提供依据。二是要提高业务能力,内部控制人员必须熟悉、掌握会计、审计、法律、金融、企业管理及新型业务等各方面的知识。三是要从提高全员的政治素质与业务素质入手，开展经常性的思想政治教育和职业理想、职业纪律、职业技能教育，使员工树立爱岗敬业、文明守纪、奉献岗位的观念，激发员工学习新知识、新业务、新技能的自觉性。四是要加强学习,不断更新观念。加强对现有内部控制人员的培训教育,及时更新知识,提高应变能力和队伍的总体素质,更好地为农村商业银行服务。
